Tudo leva a crer que a primeira batalha de Shinji contra o terceiro Anjo (Sachiel) seria um desastre. Atacado impiedosamente pelo seu inimigo, o herói acorda em um hospital e, ao se sincronizar com o Eva como um só, aniquilam o invasor. Apesar de tudo, o bio-mecha da NERV termina a batalha semi-destruído. Shinji passa, então, a morar na casa de Misato, para assim poder ter uma vida normal, na medida do possível, enquanto continua como piloto do Eva.