Certa vez, houve uma Guerra do Santo Graal travada por magos e espíritos heroicos em uma cidade chamada Fuyuki. No entanto, um mago se aproveitou do caos da Segunda Guerra Mundial para roubar o Santo Graal. Várias décadas se passaram, e a família Yggdmillennia, que adotou o Santo Graal como símbolo, desertou da Associação de Magos. Furiosa, a Associação enviou forças para lidar com os Yggdmillennia, mas foi derrotada. Com a mudança no sistema do Santo Graal, uma guerra em uma escala sem precedentes começa.