Na sede da GHQ, Gai faz um anúncio mundial de que o Leucócito destruirá o mundo no dia 25 de dezembro. Os remanescentes dos grupos Funeral Parlor, Kuhouin Group e Tennouzu High School escapam do Japão em um navio, onde Shibungi, lançado por Gai, dá a Shu um diário escrito por Kurosu detalhando a história do vírus Apocalypse. Em 2013, Keido, um professor universitário pesquisando sobre Ressonância Genômica, fez amizade com seu aluno Kurosu, que estava interessado em sua pesquisa. Em 2017, Kurosu se casou com sua colega chamada Saeko Shijou, indo morar com ela depois que ela ficou grávida de Mana. Em 2022, um meteorito caiu na Terra, descoberto pela primeira vez por Mana e Saeko. Em 2023, Keido e Kurosu descobriram um vírus dentro do meteorito, que reagiu quando a ressonância genômica foi usada, significando que Mana e Saeko estavam infectados. Yu, o representante do Da'ath, ofereceu-se para ajudá-los com suas pesquisas, acreditando que o vírus iniciará o Apocalipse. Yu ordenou que Kurosu não permitisse que Saeko fizesse um aborto durante sua gravidez com Shu, pois Mana escolheu Shu como sua companheira para iniciar uma nova raça depois do Apocalipse, mas depois que Saeko morreu pelo vírus após o parto, Kurosu recusou É percebido que os 256 satélites de leucócitos eram um blefe, Shu promete aos seus amigos e aliados que eles vão parar Gai e resgatar Inori. Ayase permite que Shu a ajude em seu novo Endlave Steiner. Gai usa os vazios de Arisa, Kenji e Yu para dizimar parte da frota das Nações Unidas. Graças ao vazio de Tsugumi, Shu e Funeral Parlor conseguem entrar e invadir o sistema básico, permitindo que a frota das Nações Unidas tenha a chance de contra-atacar. Enquanto Tsugumi se separa de Shu e dos outros, Gai se prepara para se livrar das memórias de Inori antes que Mana possa controlar seu corpo. Gai questiona Inori por que ela ama Shu, ao que ela responde que Shu lhe mostrou o valor da vida, tanto sua dor quanto sua beleza. Enquanto os cristais tomam seu corpo, Inori canta uma música apenas audível para Shu, que lidera o Funeral Parlor para o centro da sede da GHQ. Shu é separado de seus aliados e é confrontado por Yu, enquanto o Funeral Parlor enfrenta Endlave liderado por Daryl, que agora opera o novo modelo Endlave Gespenst. Yu, revelando que ele é realmente uma encarnação da vontade de Da'ath, está impressionado com o quão longe Shu fez e oferece a ele para se tornar o companheiro de Mana, mas Shu se recusa. Yuu usa os vazios de seus seguidores para atacar Shu, lamentando sobre como Shu desperdiçou sua chance de reiniciar a raça humana por causa de Inori, descrito como um "boneco". No entanto, Shu diz a Yu que Inori é um ser humano, que estava sempre lá quando ele estava em baixo, prometendo resgatá-la. Derrotado, Yuu permite que Shu encontre Inori antes de desaparecer. Shu confronta Gai, que revela que Inori finalmente se transformou em Mana.ork com Da'ath. Keido mais tarde se juntou a Da'ath, ajudando-os a encontrar um companheiro mais adequado para Mana experimentando crianças com o vírus Apocalypse. Em 2028, Kurosu, que desde então se ocupou em encontrar uma cura para o vírus, se apaixonou por seu novo assistente Haruka, que também cuidou de Kurosu e seus filhos, casando-se com ele. Ao mesmo tempo, Keido adotou Gai, que foi vítima de tráfico de crianças, mas o sujeitou nos experimentos, eventualmente levando Gai a fugir e encontrar Shu e Mana na praia. Em 2029, no dia do incidente do Natal Perdido, Keido ficou amargo e ciumento depois de saber que Kurosu conseguiu encontrar uma cura para o vírus criando o Genoma do Vácuo, mas queria manter o fardo criando em si mesmo. Quando Kurosu pegou Keido em seu escritório, Keido matou Kurosu e roubou sua pesquisa antes que Haruka encontrasse o corpo de seu marido. No presente, Haruka revela que Mana foi capaz de entrar no corpo de Inori durante o segundo surto e lentamente tomar o controle dela porque os Vazios que Shu tem extraído são pedaços de Mana. Quando Shu tenta devolver os vazios de volta para seus amigos, todos eles se recusam a saber que ele está arriscando suas vidas, e Shu perdoa Souta por traí-lo. Shu, Tsugumi, Ayase, Argo, Shibungi, Haruka e Kurachi partem com aliados das Nações Unidas para atacar a sede da GHQ.