Mana, agora completamente ressuscitado, cumprimenta Shu, mas ele a evita depois que ela fala mal de Inori, para sua raiva. Gai tira Mana's Void para lutar contra Shu enquanto ela dispara o quarto apocalipse, espalhando o vírus do Apocalipse em todo o mundo. Haruka confronta Keido, que comete suicídio injetando o vírus em si mesmo enquanto admite a derrota. Enquanto isso, o Funeral Parlor continua sua luta com o grupo de Endlaves liderado por Daryl, que acredita que ele mudou por causa deles e quer voltar ao seu antigo eu. Tsugumi descobre que suas tentativas de hackear o sistema baseado estão sendo repelidas por outro hacker tão habilidoso quanto ela, no qual Shibungi descobre que Kenji é responsável por isso. Shibungi rastreia onde Kenji está localizado e o mata, permitindo que Tsugumi opere livremente e ajude Ayase a derrotar Daryl. Apenas quando Shu está prestes a ser morto por Gai, Shu vê uma flor dentro da cristalização enquanto ouve a voz de Inori. Ele puxa o Vazio de Inori dentro da flor com sua última força, usando-a para derrotar Gai com um golpe final. Antes de morrer, Gai revela que suas ações eram necessárias, para que Mana pudesse iniciar o Quarto Apocalipse para que ela finalmente pudesse descansar, caso contrário ela seria sempre ressuscitada por Da'ath. Shu recupera o Genoma do Vazio que Gai roubou dele, usando seu poder para impedir que o Quarto Apocalipse acontecesse. Shu usa seu Vazio para atrair os vazios de todos os seus amigos para curá-los do vírus, lentamente sendo consumido pelo vírus, mas Inori se sacrifica para salvar a vida de Shu. Ayase, Tsugumi, Argo, Shibungi, Arisa, Daryl, Haruka e Kurachi conseguem escapar da sede da GHQ antes que ela desmorone. Alguns anos mais tarde, Tóquio é finalmente reconstruída e Shu, agora visualmente debilitado com um braço direito protético mecânico, celebra o aniversário de Hare com Ayase, Tsugumi, Yahiro, Souta e Kanon. Mais tarde, Shu senta em um banco ao lado de um lago para ouvir uma das canções de Inori enquanto a alma de Inori e ele se abraçam, enquanto eles se lembram de seus dias juntos.