A história de Level E envolve um mundo ficcional, onde centenas de espécies exóticas vivem na Terra disfarçados de seres humanos, e gira em torno de Prince Baka Ki El Dogra do planeta Dogra, que estava em seu caminho para uma conferência galáctica como representante de seu planeta, quando um acidente faz com que ele acabe parando na Terra. Perdendo a memória, no processo, o Príncipe acaba ficando no apartamento do estudante colegial Yukitaka Tsutsui, a quem ele acaba atormentando.